Институт имеет значительный опыт консультирования органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации по разработке организационно-управленческих схем и формированию механизмов управления межведомственными целевыми программами на региональном уровне.

По заказу Минэкономразвития России в 2007 г. Институтом выполнены работы по теме «Методические рекомендации для субъектов Российской Федерации и муниципальных образований по оценке эффективности планируемых и реализуемых бюджетных инвестиций». В ходе исследования выявлены и классифицированы проблемы, возникающие при реализации инвестиционной политики в регионах и муниципальных образованиях, описана «лучшая практика» решений в области оценки эффективности бюджетных инвестиций, разработан типовой порядок и критерии оценки эффективности планируемых и реализуемых бюджетных инвестиций в субъектах Федерации и муниципальных образованиях.

По результатам проведенного совместно с Минэкономразвития России круглого стола в серии «Общественные финансы» в 2008 г. Институтом выпущен сборник статей «Оценка эффективности бюджетных инвестиции на региональном и муниципальном уровне». В сборник включены статьи как теоретического, так и научно-практического характера, в том числе отражающие практику оценки эффективности бюджетных инвестиций в целом ряде регионов. При этом теоретические и методологические выводы доведены до практических рекомендаций по оценке эффективности бюджетных инвестиций и могут быть использованы органами государственной власти и местного самоуправления для выбора оптимальных инвестиционных решений.

В 2010 г. по заказу Государственного комитета Псковской области по делам строительства, жилищно-коммунального хозяйства, государственного строительного и жилищного надзора Институтом совместно с Центром стратегических разработок «Северо-Запад» выполнены проекты по финансово-управленческому аудиту и выработке рекомендаций по модернизации сферы ЖКХ Псковской области.

Работы, связанные с региональной инвестиционной деятельностью, составляли часть проектов по разработке и сопровождению программ реформирования региональных и муниципальных финансов, которые осуществлялись Институтом более чем в полутора десятках субъектов Федерации, например, в Сахалинской, Пензенской, Амурской, Брянской, Белгородской, Калужской областях, городах Орск, Хабаровск, Калуга, Братск и других регионах и муниципальных образованиях. В рамках внедрения бюджетных новаций, на разных уровнях власти при содействии Института апробированы новые механизмы финансирования бюджетных инвестиций, заключающиеся в оценке инвестиционных проектов на предмет их социальной и экономической эффективности, учете эксплуатационных расходов будущих периодов при принятии решения об осуществлении проекта, внедрении критериев для досрочного прекращения финансирования проекта.