Проблемы межбюджетного регулирования на региональном уровне являются объектом постоянного внимания Института. Среди реализованных проектов:

1.  
   • анализ механизмов и направлений финансовой помощи бюджетам муниципальных образований из бюджетов субъектов Российской Федерации, выполненный по заказу Счетной палаты Российской Федерации в 2003 году, целью которого было определение целесообразности существования различных направлений оказания финансовой помощи бюджетам муниципальных образований и выработка предложений по повышению эффективности механизмов ее предоставления из региональных бюджетов;
   • научные исследования в 2003-2005 годах по анализу взаимосвязи межбюджетных отноше­ний и экономического развития территорий, включая построение математических моделей, в рамках Программы поддержки независимых экономических аналитических центров в Российской Федерации;
   • проект, реализованный по заказу Минрегиона России в 2007 году по организации, научно-методическому сопровождению экспериментального внедрения на территории пилотных регионов и муниципальных образований методических рекомендаций и модельных правовых актов по осуществлению расходных полномочий органов местного самоуправления, организации бюджетного процесса и муниципального финансового контроля.

 Институт принимал участие в разработке законопроектов, регули­рующих межбюджетные отношения субъектов Российской Федерации с муниципальными образованиями в Республике Бурятия, Республике Мордовия, Республике Татарстан, Республике Тыва и Удмуртской Республике, Амурской, Белгородской, Брянской, Вологодской, Кировской и Сахалинской областях. В рамках подготовки проектов нормативных правовых актов были проинвентаризированы расходные полномочия муниципальных образований разного типа, оценены их доходные возможности и степень их дифференциации по территории региона, рассчитаны индексы налогового потенциала муниципальных образований, разработаны процедуры установления нормативов отчислений от региональных налогов, со­ставлены методики (порядки) предоставления из региональных бюджетов дотаций, субсидий, субвенций и бюджетных кредитов муниципальным образованиям, а также механизмы изъятия отрицательного трансферта.

С целью визуализации внутреннего устройства системы межбю­джетных отношений и проблем, связанных с управлением данной системой, Институтом совместно со специалистами Академии народного хозяйства при Правительстве Российской Федерации в 2007 г. была разработана и успешно апробирована имитационная игра «Стратегия межбюджетных отношений на региональном уровне», позволяющая сотрудникам финансовых органов отработать навыки управления межбюджетными отношениями на региональном уровне.